ศูนย์ส่งเสริมการเรียนรู้ระดับอำเภอขุขันธ์ แบ่งโครงสร้างการบริหารงานเป็น 2 กลุ่มงาน ดังนี้
1. กลุ่มงานอำนวยการ ประกอบด้วย
1.1 งานธุรการ และสารบรรณ
1.2 งานการเงินและบัญชี
1.3 งานบริหารทั่วไป
1.4 งานพัสดุ
1.5 งานบุคลากร
1.6 งานอาคารสถานที่
1.7 งานแผนงานและโครงการ
1.8 งานประชาสัมพันธ์
1.9 งานข้อมูลสารสนเทศและการรายงาน
1.10 งานควบคุมภายใน
1.11 งานเลขานุการคณะกรรมการสถานศึกษา
2. กลุ่มจัดการเรียนรู้ ประกอบด้วย
2.1 งานจัดการเรียนรู้เพื่อคุณวุฒิตามระดับ
2.2 งานจัดการเรียนรู้เพื่อการพัฒนาตนเอง
2.3 งานจัดการเรียนรู้ตลอดชีวิต
2.4 งานการจัดการเรียนรู้กลุ่มเป้าหมายพิเศษและการเรียนรู้รูปแบบอื่นที่กรมกำหนด
2.5 งานเทียบระดับการศึกษา/งานเทียบโอนการศึกษา
2.6 งานพัฒนาแหล่งเรียนรู้และภูมิปัญญาท้องถิ่น
2.7 งานพัฒนาห้องสมุดประชาชน แหล่งส่งเสริมการอ่านและการเรียนรู้ในชุมชน
2.8 งานส่งเสริมการจัดกระบวนการเรียนรู้ตามหลักปรัชญาของเศรษฐกิจพอเพียง
2.9 งานนิเทศ ติดตามและประเมินผล
2.10 งานวัดผลและประเมินผลการศึกษาขั้นพื้นฐาน
.2.11 งานศูนย์ทะเบียนนักศึกษา
.2.12 งานศูนย์ให้คำปรึกษาแนะนำ Advice Center
2.13 งานประกันคุณภาพการศึกษา
2.14 งานส่งเสริม สนับสนุน และประสานความร่วมมือภาคีเครือข่าย
2.15 งานกิจการพิเศษ/งานนโยบายเร่งด่วน
2.16 งานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ
2.17 งานป้องกันและแก้ไขปัญหายาเสพติด
2.18 งานส่งเสริมและพัฒนากิจกรรมลูกเสือ
2.19 งานส่งเสริมและพัฒนากิจกรรมอาสายุวกาชาด